Vláda Maxmiliána II. a Rudolfa II.

V r. 1564, když král český a císař Ferdinand I. umírá, vstupuje v platnost jeho dohoda s českými stavy. Nástupcem je na příštích 12 let jeho syn Maxmilián II., vládne v českých zemích v letech 1564 – 1576. Je otci podobný ve vzdělání, rozhledu a intelektu. Panovník to byl slabý, šlechta posílila své pozice a rozšiřovala svou úlohu. Došlo k oživení různých nekatolických náboženství. Staro- i novoutrakvisté v zemi sílí, začíná se ustavovat i české luterství. Čeští stavové připravili znění české konfese = programové stanovisko na jehož základě mělo dojít ke zrovnoprávnění všech nekatolických náboženství s katolictvím. Ta věc se mezi stavy a králem diskutovala, nikdy nedostala písemnou podobu, měla jen charakter ústního dojednání. Když Maxmilián umírá, zůstává česká konfese věcí nedořešenou.

Jeho nástupcem je příští císař Rudolf II., který vládne v českých zemích v letech 1576 – 1611. Panovník je to velmi zvláštní – stejně jako Ferdinand I. a Maxmilián II. byl chytrý, vzdělaný, s rozhledem a s citem pro umění a kulturu. V tomto smyslu Čechům značně imponoval, do čela země ho vítali. Nedostatkem bylo jeho nepevné zdraví – fyzické i duševní. Jako politik se zhlédl v Karlu IV. a po jeho vzoru chtěl budovat jím spravovanou říši a usiloval o zvelebení Prahy, kam v r. 1583 přesídlil. Praha se tak podruhé stala hlavním městem říše; zasloužil se o její všestranný rozmach. Chtěl, aby se stala skvostem. Úroveň doby Karlovy nezaznamenala. Zval si do Prahy umělce a vědátory, např. Tycho de Brahe, Johannes Kepler, malíř Hans von Achen. Na jeho dvoře byla také nemalá skupina podvodníků, tzv. alchymistů, kteří ho ujišťovali, že vyvinou zázračné věci, což se samozřejmě nestalo.

Vznik manýrismu : proud mezi renesancí a barokem. Vznikal a rozvíjel se v Praze. Podstatou je, že umělecky improvizoval, ztratil onu pravidelnost a souměrnost tvarů renesančních. Ještě nenabyl tvarů barokních.

Velkým problémem Rudolfa II. byla Morava a oblast východní. Hlavně Uhry cítily zřetelně vliv a dotek osmanské moci a zejména vedle psychologického i faktického nebezpečí tyto země musely doplácet na obranu proti Turkům. V Uhrách nastala v letech 1604 – 1606 vzpoura, do čela se postavil Štěpán Bočkaj. Císař pověřil svého mladšího bratra Matyáše, aby s ním dojednal mír, což se mu podařilo v r. 1606. Rudolf II. s ním není spokojen, proto došlo k roztržce mezi bratry. Matyáš se spojí se šlechtickými silami moravskými, rakouskými, uherskými a rozhodne se vést válku. Přijdou až před Prahu a tam je v r. 1608 v Karlíně dojednán mír. Rudolfa to velmi oslabí, zůstává jen správcem českých zemí. Toho využila česká nekatolická šlechta a v r. 1609 na něm vymůže Rudolfův Majestát – dekret o legalizaci a zrovnoprávnění všech náboženství – velká výhra. Katolická strana ani Rudolf však nejsou spokojeni a pokusí se o protiakci. Využije možností bratrance pasovského biskupa Leopolda, za jeho pomoci je k nám vypraveno pasovské vojsko, které je však neúspěšné. Vpád pasovských vojsk končí prohrou, tzn. pád Rudolfa II. V r. 1611 tedy jeho vláda v českých zemích končí.